层次凝聚聚类 && C#实现 凝聚层次聚类算法步骤
bigegpt 2024-10-30 01:52 31 浏览
背景
无监督学习是一种机器学习方法,其特点是在训练数据中没有标签或目标变量,根据类别没有被标记的训练样本解决模式识别中的各种问题。
那无监督学习是怎么知道对错的呢?
以语言模型为例,最简单的一个做法,就是拿掉句子的一个词,然后让AI猜测是哪一个词,因为有原句作为标准答案,这样就可以训练模型了。
Google的BERT模型就是这样的训练机制,效果非常的好。
层次聚合聚类
层次凝聚聚类(Hierarchical Agglomerative Clustering,HAC)也是一种无监督学习的方法,用于将数据集中的样本按照相似性进行分组。
策略通常有两种:
- 1. 凝聚(Agglomerative ):一种自底向上方法,从每个样本作为单独的一类开始,逐渐合并相似的类直到所有样本都被合并为一个类。这种方法的优点是容易理解和实现,但计算复杂度较高。
- 2. 分裂(Divisive ):一种自顶向下方法,从所有样本作为一个类开始,逐渐将类一分为二,直到每个样本都成为一个单独的类。这种方法的计算复杂度较高,且不太常用。
主要步骤:
- ? 计算样本间的相似性或距离(如欧氏距离、曼哈顿距离、相关系数等)。
- ? 将每个样本视为一个单独的类。
- ? 不断合并或分裂相似性最高的类,直到满足停止条件(如达到指定的类别数量)为止。
凝聚和分裂的操作通常用贪心算法实现,结果通常用树状图展示。
DotNET完整实现
如下图,对以下7点个,进行聚类。
'A=紫色' 、 'B=红色'。
首先定义一个数据点类,如用来表示二维欧几里得空间中的点,如下所示:
class DataPoint : IComparable<DataPoint>
{
public DataPoint(string id, double x, double y) { ... }
public int CompareTo(DataPoint other) { ... }
...
}
然后为这种类型定义一个不相似度度量:
class DssimilarityMetric : IDissimilarityMetric<DataPoint>
{
public double Calculate(DataPoint instance1, DataPoint instance2) { ... }
}
可以通过以下方式定义数据集:
var dataPoints = new HashSet<DataPoint>(
new[]
{
new DataPoint("1", 2.00, 2.00),
new DataPoint("2", 5.50, 4.00),
new DataPoint("3", 5.00, 5.00),
new DataPoint("4", 1.50, 2.50),
new DataPoint("5", 1.00, 1.00),
new DataPoint("6", 7.00, 5.00),
new DataPoint("7", 5.75, 6.50)
});
现在选择一个链接准则并创建聚类算法:
var metric = new DissimilarityMetric();
var linkage = new AverageLinkage<DataPoint>(metric);
var algorithm = new AgglomerativeClusteringAlgorithm<DataPoint>(linkage);
简单执行得到聚类结果:
var clusteringResult = algorithm.GetClustering(dataPoints);
对结果进行遍历(a ClusteringResult object),得到以下内容:
[0] {0.000 {(1), (2), (3), (4), (5), (6), (7)}}
[1] {0.707 {(2), (3), (5), (6), (7), (1;4)}}
[2] {1.118 {(5), (6), (7), (1;4), (2;3)}}
[3] {1.498 {(6), (7), (2;3), (1;4;5)}}
[4] {1.901 {(7), (1;4;5), (2;3;6)}}
[5] {2.047 {(1;4;5), (2;3;6;7)}}
[6] {5.496 {(1;4;5;2;3;6;7)}}
我们可以根据簇的数量、距离、外部标准等选择适当的数据集。
Aglomera的主要功能
1、支持以下用于考虑簇之间不相似性的链接标准:
- 支持完全(最远邻居)、平均(UPGMA)、质心、最小能量、单链接(最近邻居)、Ward最小方差方法。
2、提供以下外部聚类评估标准,用于在每个数据点关联特定标签/类别的情况下评估给定聚类集的质量:
- 纯度,标准化的互信息,准确率,精确率,召回率,F值。
- 要对聚类结果进行外部评估,首先指定每个数据点的类别,例如,一个字符,并指定一个评估标准:
var pointClasses = new Dictionary<DataPoint, char>{...};
var criterion = new NormalizedMutualInformation<DataPoint, char>();
第5个聚类集的评估分数通过执行以下操作得到:
var score = criterion.Evaluate(clusteringResult[5], pointClasses);
3、提供以下内部聚类评估标准,用于在没有基准真值的情况下选择最佳聚类数量:
- 轮廓系数,邓恩指数,戴维斯-布尔丁指数,Calinski-Harabasz指数,修改的Gamma统计量,Xie-Beni指数,内部-外部比率,I指数,Xu指数,RMSSD,R平方。
- 要对聚类结果进行内部评估,我们只需选择一个评估标准并计算得分:
var criterion = new SilhouetteCoefficient<DataPoint>(metric);
var score = criterion.Evaluate(clusteringResult[5]);
4、CSV 导出
- T要将聚类结果导出到逗号分隔值(CSV)文件中,我们只需执行以下操作:
clusteringResult.SaveToCsv(FILE_PATH);
- 这将生成一个CSV文件,其中包含算法每一步聚类集合中每个簇的内容,每行一个实例。
5、D3.js 导出
- 将聚类的结果导出到一个Json文件中,该文件包含聚类过程的层次结构,可以加载到DendrogramViewer中以生成一个树状图,例如:
using Aglomera.D3;
...
clusteringResult.SaveD3DendrogramFile(fullPath, formatting: Formatting.Indented);
将生成类似以下的Json文本:
{
"n": "(1;4;5;2;3;6;7)", "d": 5.5,
"c": [
{ "n": "(2;3;6;7)", "d": 2.05,
"c": [
{
"n": "(2;3;6)", "d": 1.9,
"c": [
{
"n": "(2;3)", "d": 1.12,
"c": [
{ "n": "(3)", "d": 0.0, "c": [] },
{ "n": "(2)", "d": 0.0, "c": [] } ] },
{ "n": "(6)", "d": 0.0, "c": [] } ] },
{ "n": "(7)", "d": 0.0, "c": [] } ]
},
{ "n": "(1;4;5)", "d": 1.5,
"c": [
{ "n": "(1;4)", "d": 0.71,
"c": [
{ "n": "(4)", "d": 0.0, "c": [] },
{ "n": "(1)", "d": 0.0, "c": [] } ] },
{ "n": "(5)", "d": 0.0, "c": [] } ]
} ]
}
小结
HAC易于理解和解释,能够生成层次化的聚类结果,适用于小型数据集。
HAC的缺点是计算复杂度较高,不适用于大规模数据集。
总的来说,HAC是一种强大的聚类算法,适用于需要探索数据内在结构并生成层次化聚类结果的场景。
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