诺米代谢BioDeep大数据分析平台包括数据分布式存储、100+在线工具、智能化数据分析、机器学习与数据挖掘、多组学整合分析、数据共享、临床数据分析、区块链虚拟交互系统等一系列功能。为了方便广大科研工作者更好的使用BioDeep云工具进行个性化分析，小编撰写了一系列操作指南，本期主要介绍非靶或靶向类代谢组常用的“差异分析”小工具：
差异统计分析
韦恩图 & Upset韦恩图
登录biodeep系统，点击“云工具”，选择“代谢组学”及“通用组学”，筛选出所有可以进行代谢组学分析的工具。以下将进行介绍，主要内容包括：小工具功能介绍，如何在结题报告中查找对应数据，如何整理绘图数据，各小工具的参数应该如何选择。
（一）差异统计分析
- 功能：用于两组或者多组样本生物分子定量值的差异分析。主要侧重于FC（Fold change，差异倍数）和P值（显著性）的计算。
- 工具链接：https://www.biodeep.cn/tools/diffexpana?toolId=149
- 示例图
- 所需文件
（1）数据文件（必需）（2）分组文件（必需）（3）比较组文件（必需）
注：不支持中文文件名和特殊符号，请将上传文件命名为英文后再上传处理。
- 作图数据位置
分组文件和比较组文件请根据实际项目填写，以下主要说明数据文件的位置，需按照云工具示例数据整理。
（1）全靶项目：report/MSMS二级分析中的“代谢物鉴定定量表格”
（仅从该表整理name和各样本定量值即可，数据文件中请勿上传其他信息，否则报错）
（2）靶向项目：report\定量分析中的“定量结果”
（由于靶向涉及多个产品，格式稍有不同，下图仅参考，在结果中找到定量表格即可；仅整理出name和各样本的含量值上传）
- 主要参数
① Log转换：对数据进行log计算，缩小数据差异，包括none，log2，log10等。
② 统计检验方法：两组和多组比较的假设检验方式，用加号连接，包括：ttest+anova（参数检验）、wilcox+kstest（非参数检验）。可根据数据特征选择统计方法，如无特殊要求也可直接选择参数检验。
③ p值阈值：差异结果中只保留p值小于该值的分子；
④ log2FC阈值：差异结果中只保留对数差异倍数绝对值大于该值的分子；
⑤ FDR阈值：差异结果中只保留FDR值小于该值的分子。
- 输出
（1）差异分子统计图。默认生成png，pdf两种格式图片。
（2）差异分子韦恩图。默认生成png，pdf两种格式图片。如比对方式超过5种，则无法输出该图。建议可参考第二部分“Upset韦恩图”单独绘制。
（3）所有分子的差异检验结果。默认xlsx格式。
（4）差异分子的差异检验结果。默认xlsx格式。
（5）差异分子的定量结果。默认xlsx格式。
（6）差异分子统计结果。默认xlsx格式。
（二）韦恩图 & Upset韦恩图
- 功能：用于展示集合之间的交集和并集关系。不超过5个集合可使用韦恩图；超过5个集合需使用Upset韦恩图。
- 工具链接
（1）韦恩图：https://www.biodeep.cn/tools/venn?toolId=17
（2）Upset韦恩图：https://www.biodeep.cn/tools/upset_venn?toolId=55
- 示例图（左侧韦恩图，右侧Upset韦恩图）
- 所需文件
多个数据文件（至少2个文件，且不支持中文命名文件）
- 作图数据位置
通常基于各比较组下的差异物质，绘制韦恩图，用于展示不同比对方式获得差异物质的异同情况。
（1）全靶项目：report\MSMS二级分析\比较组\1-差异分析中的“差异代谢物定量列表”（仅从各表整理name即可）
（2）靶向项目：report\5.差异代谢物筛选分析\比对组下的“差异代谢物定量列表”（由于靶向涉及多个产品，格式不同，找到比较组下的差异代谢物名称即可）
- 主要参数
①Set*：每个集合对应的名称，可以自定义输入（仅支持英文和数字）；
②透明度：调整填充颜色透明度；
③边框颜色：调整边框颜色；
④边框线宽度：调整边框粗细
● 输出
标准输出一张韦恩图/Upset韦恩图和一张比较结果表格。默认生成png，pdf两种格式图片，以及xlsx格式表格。
本期介绍就到这里，下期将会介绍代谢组学的其他小工具，尽请期待。
