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R 数据可视化——ggplot2 分面

bigegpt 2024-08-15 19:53 2 浏览

前言

分面的作用是在一个页面上自动放置多幅图像,它先将数据划分为多个不同的子集,然后分别将每个子数据集绘制到页面的小图形面板中。

ggplot2 有两种分面类型:

  • 网格型 —— facet_grid生成一个 2 维面板网格,通过行列对应变量的不同 level
  • 封装型 —— facet_wrap生成一个 1 维面板,然后按行或按列顺序添加子图进去,形成 2 维布局

二者之间的区别,可以从下图中看出

1. 网格分面

facet_grid(
  rows = NULL,
  cols = NULL,
  scales = "fixed",
  space = "fixed",
  shrink = TRUE,
  labeller = "label_value",
  as.table = TRUE,
  switch = NULL,
  drop = TRUE,
  margins = FALSE,
  facets = NULL
)

网格分面会根据分面表达式,自动设置哪些变量作为行,哪些变量作为列,具体规则如下:

  1. 不分面

不使用 facet_grid 或加上 facet_null()

ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_null()
  1. 一行多列:. ~ var

宽屏显示,所有图绘制在同一行,方便比较不同图之间的 y 轴位置。

ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_grid(. ~ cyl)
  1. 多行一列:var ~ .

竖直排列,具有相同的横坐标,方便比较 x 轴的位置,尤其适用于不同数据分布的比较。

ggplot(mpg, aes(cty)) + 
  geom_histogram(binwidth = 2) +
  facet_grid(cyl ~ .)
  1. 多行多列:var1 ~ var2

通常将 level 最多的变量按列放置,充分利用屏幕的宽高比

ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_grid(drv ~ cyl)

注意:在上面的图形中,我们可以看到三个空白的面板,这是由于行列变量的不同 level 会两两组合,每种组合绘制一张图片,而没有在数据中出现的组合会产生空白图。

  1. 多个变量组合在同一行或同一列:. ~ var1 + var2(一行) 或 var1 + var2 ~ .(一列)
ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_grid(cyl + drv ~ .)

与多行多列图形不同,只有出现的组合才会被绘制,所以不会出现空白图片。

注意

上面的表达式也可以转换为用 vars 函数引用的变量,例如

. ~ var => cols = vars(var)
var ~ . => rows = vars(var)
var1 ~ var2 => rows = vars(var1), cols = vars(var2)
. ~ var1 + var2 => cols = vars(var1, var2)

对于 facet_gridfacet_wrap 均适用

边际图

对于多行多列的网格状图,我们可能希望在每行或每列的数据值进行一个汇总,添加一个汇总图。

我们可以设置 margins = TRUE 来展示所有的边际汇总图,或者指定一个字符串或字符串向量如 margins = c("", ""),来展示某一个变量的边际汇总图

例如

smpg <- mpg %>% subset(drv != 'r' & cyl != 5)

p1 <- ggplot(smpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_grid(rows = vars(drv), cols = vars(cyl))

p2 <- ggplot(smpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_grid(rows = vars(drv), cols = vars(cyl), 
             margins = TRUE)

p3 <- ggplot(smpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_grid(rows = vars(drv), cols = vars(cyl), 
             margins = "drv")

p4 <- ggplot(smpg, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  facet_grid(rows = vars(drv), cols = vars(cyl), 
             margins = "cyl")

plot_grid(p1, p2, p3, p4, labels = LETTERS[1:4], nrow = 2)

2. 封装分面

facet_wrap(
  facets,
  nrow = NULL,
  ncol = NULL,
  scales = "fixed",
  shrink = TRUE,
  labeller = "label_value",
  as.table = TRUE,
  switch = NULL,
  drop = TRUE,
  dir = "h",
  strip.position = "top"
)

不同于网格分面,封装分面可以这样理解,它首先生成一个长的绘图面板,然后将图形一个个添加进去,填充完一行后另起一行开始填充,这样看起来也是二维的面板。

示例

p <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point()

p1 <- p + facet_wrap(vars(class))

# 控制行列数
p2 <- p + facet_wrap(vars(class), nrow = 4)

# 组合多变量
p3 <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(cyl, drv))

# 控制显示的标签
p4 <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(cyl, drv), labeller = "label_both")

plot_grid(p1, p2, p3, p4, labels = LETTERS[1:4], nrow = 2)

想要更改面板图形的显示顺序,需要修改对应因子变量的 level 顺序

mpg$class2 <- reorder(mpg$class, mpg$displ)
p5 <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(class2))

plot_grid(p1, p5, labels = LETTERS[1:2], nrow = 2)

通过将数据的分面变量设置为 NULL,可以在所有的子图中绘制一个相同的图像

例如,我们通过将分面变量设置为空,在所有子图中绘制了一个包含所有数据点的浅色点图,这样可以更清晰的看出各部分占总体的情况

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
  geom_point(data = transform(mpg, class = NULL), colour = "grey85") +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(class))

这也相当于为所有面板添加了一个背景图

3. 标度控制

两种分面都可以使用 scales 来控制面板的位置标度是否固定,可以取以下值:

  • fixed:所有面板的 xy 都是一样的,默认值
  • free:所有面板的 xy 都是自由变化的
  • free_xx 轴可变,y 轴固定
  • free_yx 轴固定,y 轴可变
p1 <- ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(cyl), scales = "fixed")

p2 <- ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(cyl), scales = "free")

p3 <- ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(cyl), scales = "free_x")

p4 <- ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(vars(cyl), scales = "free_y")

plot_grid(p1, p2, p3, p4, labels = LETTERS[1:4], nrow = 2)

对于 facet_grid 还有一个 space 参数,可接受的值同 scales 一样

  • fixed:所有面板的大小一样,默认值
  • free:它们的高度和宽度与标度范围成比例
  • free_x:它们的宽度与 x 标度的长度成比例
  • free_y:它们的高度与 y 标度的长度成比例
ggplot(mpg, aes(drv, model)) +
  geom_point() +
  facet_grid(manufacturer ~ ., scales = "free", space = "free")

4. 分组与分面

我们可以将分组和分面放在一起进行比较。在之前的示例中,我们可以为数据设置不同的图像属性,如颜色、大小等,来区分不同的分组

而分面是根据变量的 level 绘制不同的子图。这两种方式都有各自的优缺点。

在分面中,不同组别拥有不同的面板,相隔较远,难以看出组间的关系;但是不存在组间数据的重叠,能够很好的分隔数据。

而分组则与分面互补,组间容易重叠,但是能够较容易可以看出组间的关系。

例如

xmaj <- c(0.3, 0.5, 1,3, 5) 
xmin <- as.vector(outer(1:10, 10^c(-1, 0))) 
ymaj <- c(500, 1000, 5000, 10000) 
ymin <- as.vector(outer(1:10, 10^c(2,3,4))) 

dsub <- subset(diamonds, color %in% c("D","E","G","J"))

p <- ggplot(dsub, aes(carat, price, colour = color)) +
  scale_x_log10(breaks = xmaj, labels = xmaj, minor = xmin) +
  scale_y_log10(breaks = ymaj, labels = ymaj, minor = ymin) +
  scale_colour_hue(limits = levels(diamonds$color)) +
  theme(legend.position = "none")

p1 <- p + geom_point() 
p2 <- p + geom_point() + facet_grid(. ~ color)

plot_grid(p1, p2, labels = LETTERS[1:2], nrow = 2)

在图 A 中,各分组之间都交叠在一起了,很难区分谁是谁,而使用分面,可以将每组都区分开,每组的趋势也很明显

但是,当我们使用回归线时,情况又有些不同了

p3 <- p + geom_smooth(method = lm, se = F, fullrange = T) 
p4 <- p + geom_smooth(method = lm, se = F, fullrange = T) + facet_grid(. ~ color)

plot_grid(p3, p4, labels = LETTERS[3:4], nrow = 2)

在图 C 中,我们可以看到 DEG 几乎完全重叠,而 J 则与它们相隔更远

分面还有其他优点,比如,能够很好的设置分组的图形属性和标度等。

5. 并列与分面

可以使用分面绘制出与并列图形类似的效果,但是分面的标注方式会更多一些。

例如

p1 <- ggplot(diamonds, aes(color, fill = cut)) +
  geom_bar(position = "dodge")

p2 <- ggplot(diamonds, aes(cut, fill = cut)) + 
  geom_bar() +
  facet_grid(. ~ color) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1, size = 8, 
                                   colour = "grey50"))

plot_grid(p1, p2, labels = LETTERS[1:2], nrow = 2)

6. 连续型变量的分面

在本章前面的示例中,都是对离散型变量进行分面,对于连续型数据,需要先将其转换为离散型。

有三种转换方式:

  • 按区间划分:
    • cut_interval(x, n = 10): 划分为 10 个区间
    • cut_interval(x, length = 10):每个区间长度为 10
  • 等数量划分:
    • cut_number(x, n=10): 划分为 10 个区间,每个区间数量相同

例如

df <- subset(mpg, year == 1999)
df$disp_ww <- cut_interval(df$displ, length = 1) 
df$disp_wn <- cut_interval(df$displ, n = 6) 
df$disp_nn <- cut_number(df$displ, n = 6) 

p <- ggplot(df, aes(cty, hwy)) + 
  geom_point() +
  labs(x = NULL, y = NULL) 

p1 <- p + facet_wrap(~ disp_ww, nrow = 1) 
p2 <- p + facet_wrap(~ disp_wn, nrow = 1) 
p3 <- p + facet_wrap(~ disp_nn, nrow = 1)

plot_grid(p1, p2, p3, labels = LETTERS[1:3], nrow = 3)

- END -

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