- 从一套表达和通路数据学习常见的绘图展示方式和报错处理
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生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程...
- ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集任意物种
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为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？GO和KEGG富集分析使用差异基因（上调基因，下调基因，或者上下调合起来的基因）作为输入，使用超几何分布等算法计算显著富集的GOterm或者通路，...
- 「统计」从p-value到q-value的计算(附代码)
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看到群里有老师在问“如何从p-value计算获得q-value”。今天简单进行下讨论，并附送一份可在命令行下独立运行的代码。首先，关于“P值”我们之前也进行过讨论（计算个“P值”，咱也不太懂，咱也不敢...
- PPPOE拨号之一:Cisco 路由器PPPOE拨号配置
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拓扑在工作中，很有可能遇到的外网接入方式就是ADSL拨号了，虽然看着简单，但是这里讲讲Cisco路由器上面的一些注意事项与配置。1、接口下调用PPPOE-clientRouter-pppoe_clie...
- ggstatsplot-专为学术绘图而生(一)
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美图神器ggstatsplot-专为学术论文而生在CRAN(comprehensiveRAchiveNetwokrk)中已有13000多个R包了简单讲ggstatsplot能够提供更为丰富信息的...
- 高颜值富集分析图来袭!气泡柱子看厌了?教你零代码画圈圈
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GO|KEGG圈图小伙伴们，大家好，欢迎来到小洋专栏！不知道上期的PCA和UMAP图大家学会了嘛？这一期，小洋将向大家介绍如何利用仙桃学术工具来进行GO|KEGG圈图的绘制。基本概念富集分析：简单而言...
- GO、GSEA富集分析一网打进
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富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一。其中代表性的计算方式有两种：一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富...
- 模式生物也能看功能，非人物种的富集分析
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尔云间一个专门做科研的团队原创小果生信果富集分析是我们科研分析中常见的一种分析方式，人的分析过程已经很清楚了，而且有在线工具可以意见富集，但一些非人物种，还需要借助一些代码来完成，富集分析中较...
- 涛哥系列文章(28):信号通路影响分析(SPIA)
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1概述此软件包实现信号通路影响分析(SignalingPathwayImpactAnalysis，SPIA)算法。SPIA使用一组差异表达基因及其倍数变化的信息，以及通路拓扑结构来评估这些通路在...
- 急性肾损伤是肾功能在短时间迅速下降的疾病，每年新发病例1330万
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急性肾损伤(AcuteKidneyInjury，AKI)是以肾功能在短时间内迅速下降为特征的肾脏疾病。全世界每年AKI新发病例约1330万，在我国重症监护室中，危重患者AKI发生率达到了30%～50%...
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