系统进化树（phylogenetic tree）
具有共同祖先的各物种/类群相互间演化关系的树，又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等。
为什么要构建系统进化树？
1. 推测进化模型。从进化树拓扑结构和枝长中推测背后的进化机制。
2. 预测模型.体现的是机制，机制清楚了，就可以对关键位置进行预测。
构建系统进化树常用的方法
1. 基于距离：
UPGMA（类平均法）
ME（Minimum Evolution，最小进化法）
NJ（Neighbor-Joining，邻接法）
2.基于特征：
MP（Maximum parsimony，最大简约法）
ML（Maximum likelihood，最大似然法）
Bayesian Inference (BI，贝叶斯方法）
系统进化树的评估
自展支持率：Bootstrap support
构建系统进化树的流程
构建系统进化树的常用软件
PAUP，商业软件，集成的进化分析工具
MrBayes，Phylobayes （蛋白）
PhyML， RAxML
MEGA，图形化的软件，使用方便
Online server/platform
流程详解
1.获取数据
数据类型：
核苷酸序列，氨基酸序列，形态学数据……
数据格式
纯文本文件：
>Arabidopsis01【 OTU，运算的分类单元，类群/个体/基因型】AAATCGGGTTCCCTT（数据）
3. 准备数据原始文件
用Notepad打开txt文件
利用Bioedit软件排列
用ClustalW 排列矩阵
手工校正
在Bioedit下Fasta格式保存
用DAMBE软件转换格式
用PAUP构建最大简约(MP)树
编写PAUP4运行脚本“PAUP_MP-脚本.txt”文件
运行test1-PAUP.NEX
用treeview打开结果文件test1_MPhs.tre，显示最大简约树（矩形树）
最大似然( ML)树的构建
用PhyML软件构建ML树，数据格式：*.phy
打开PhyML软件包，从输入文件包中拷贝test1.PHY，粘贴
双击 PhyML-3.1_win32.exe，
输入文件名：test1.phy，按照屏幕提示选择各项参数
用treeview打开树图文件test1.phy_phyml_tree.txt
分支旁边的数字是自展支持（bootstrap support）率。
利用MEGA软件构建系统树
用MEGA软件打开fas格式文件
用MEGA软件打开test1.fas，选择序列类群
打开phylogeny下拉框，构建最大简约（MP）树
选择建树参数
显示并编辑树图
输出树图文件
PhyML平台构建系统树
https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PHYML/interface.html
CIPRES平台构建系统树
iTOL平台编辑系统树
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