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孙老湿画图系列第十二弹丨相关性矩阵可视化工具corrplot

bigegpt 2024-08-26 11:04 2 浏览

矩阵数据变量多,信息量大,要想一目了然的可视化,大家的第一反应我相信一定是heatmap,不过今天要给大家分享一个和pheatmap、complexheatmap包不一样的包corrplot,corrplot包专注于相关性矩阵可视化,使用起来更加简单方便。

corrplot主要偏向于使用在相关性矩阵分析中,当然不仅限于相关性矩阵,只要数据类型符合要求。

corrplot(https://github.com/taiyun/corrplot)是发表在github上的开源R包,使用之前需要安装:

安装最新的开发版本:

install.packages("devtools")

devtools::install_github("taiyun/corrplot", build_vignettes=TRUE)

安装稳定版本:

install.packages("corrplot")

睁大你的眼睛,一大波原图来袭:

以上图片来源于:

https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

corrplot包的主函数是corrplot,另外还有一个封装的函数corrplot.mixed,可以对上三角和下三角分别控制其显示方式,常用参数如下:

参数

说明

corr

用于绘图的矩阵,必须是正方形矩阵,如果是普通的矩阵,需要设置is.corr=FALSE

method

可视化的方法,共有7中,默认是circle

type

展示全矩阵,还是半角矩阵,默认full

add

逻辑值,若为TRUE,可以添加到现有图形中

col

颜色设置

is.corr

逻辑值,若为TRUE,表示矩阵不是正方形的相关性矩阵

diag

是否显示对角线值

tl.cex

标签字体大小

tl.col

标签字体颜色

cl.lim

值域范围

孙老湿举栗子

corrplot绘图比较简单,我们使用mtcars模拟数据演示,head(mtcars)查看:

install.packages("corrplot") #安装包

library(corrplot) #加载包

M <- cor(mtcars) #计算mtcars变量之间的相关性,返回值是相关性矩阵

corrplot(M, method="circle") #绘图

corrplot.mixed(M, upper = "ellipse")

corrplot绘图相对简单,大家可以到:

https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

网站查看更多的使用例子。

另外ggplot2中可以绘制,略显繁琐,而且ggplot2中也有一款辅助包ggcorrplot大家感兴趣的可以去看一下:https://github.com/kassambara/ggcorrplot

有任何问题,欢迎在文末留言讨论。

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