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R语言corrplot的相关性热图,到底有多美!

bigegpt 2024-08-26 11:04 2 浏览

背景介绍

最近在做一些数据处理工作,需要对一些数据进行可视化。R语言的corrplot包能够优雅地将数据的相关性可视化出来,实现数据的相关性展示。 今天我们来介绍一下R语言中corrplot包的使用教程。

软件介绍

[软件名称]:R&RStudio

绘图教程

1.首先安装需要的R包

install.packages("corrplot")
library(corrplot)

2.这里,我们使用R的自带数据mtcars进行绘图,本教程也是基于corrplot包的示例文档,略微进行了修改。

head(mtcars)
# mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
# Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
# Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
# Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
# Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
# Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
# Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1

3.首先我们看一下corrplot的用法,这是函数中的所有可调节参数

corrplot(
  corr,
  method = c("circle", "square", "ellipse", "number", "shade", "color", "pie"),
  type = c("full", "lower", "upper"),
  col = NULL,
  col.lim = NULL,
  bg = "white",
  title = "",
  is.corr = TRUE,
  add = FALSE,
  diag = TRUE,
  outline = FALSE,
  mar = c(0, 0, 0, 0),
  addgrid.col = NULL,
  addCoef.col = NULL,
  addCoefasPercent = FALSE,
  order = c("original", "AOE", "FPC", "hclust", "alphabet"),
  hclust.method = c("complete", "ward", "ward.D", "ward.D2", "single", "average",
    "mcquitty", "median", "centroid"),
  addrect = NULL,
  rect.col = "black",
  rect.lwd = 2,
  tl.pos = NULL,
  tl.cex = 1,
  tl.col = "red",
  tl.offset = 0.4,
  tl.srt = 90,
  cl.pos = NULL,
  cl.length = NULL,
  cl.cex = 0.8,
  cl.ratio = 0.15,
  cl.align.text = "c",
  cl.offset = 0.5,
  number.cex = 1,
  number.font = 2,
  number.digits = NULL,
  addshade = c("negative", "positive", "all"),
  shade.lwd = 1,
  shade.col = "white",
  p.mat = NULL,
  sig.level = 0.05,
  insig = c("pch", "p-value", "blank", "n", "label_sig"),
  pch = 4,
  pch.col = "black",
  pch.cex = 3,
  plotCI = c("n", "square", "circle", "rect"),
  lowCI.mat = NULL,
  uppCI.mat = NULL,
  na.label = "?",
  na.label.col = "black",
  win.asp = 1,
  ...
)

4.我们还是根据example进行学习吧,首先我们对mtcars数据计算其相关性

M <- cor(mtcars)
head(M)

# mpg        cyl       disp         hp       drat         wt        qsec         vs         am       gear       carb
# mpg   1.0000000 -0.8521620 -0.8475514 -0.7761684  0.6811719 -0.8676594  0.41868403  0.6640389  0.5998324  0.4802848 -0.5509251
# cyl  -0.8521620  1.0000000  0.9020329  0.8324475 -0.6999381  0.7824958 -0.59124207 -0.8108118 -0.5226070 -0.4926866  0.5269883
# disp -0.8475514  0.9020329  1.0000000  0.7909486 -0.7102139  0.8879799 -0.43369788 -0.7104159 -0.5912270 -0.5555692  0.3949769
# hp   -0.7761684  0.8324475  0.7909486  1.0000000 -0.4487591  0.6587479 -0.70822339 -0.7230967 -0.2432043 -0.1257043  0.7498125
# drat  0.6811719 -0.6999381 -0.7102139 -0.4487591  1.0000000 -0.7124406  0.09120476  0.4402785  0.7127111  0.6996101 -0.0907898
# wt   -0.8676594  0.7824958  0.8879799  0.6587479 -0.7124406  1.0000000 -0.17471588 -0.5549157 -0.6924953 -0.5832870  0.4276059

5.先做个基础的相关性热图出来

corrplot(M)

6.通过method,可以更改其他类型的相关性热图

corrplot(M,method = "number")
corrplot(M,method = "square") #方形
corrplot(M,method = "pie") #饼图

7.通过设置type参数,可以显示完整的图形,或者上半部分,下半部分

corrplot(M,type = "lower") # 下半部分
corrplot(M,type = "upper") #上半部分

8.背景默认为白色,你也可以通过bg参数进行调整

corrplot(M,bg = "red") #背景为红色
corrplot(M,bg = "blue") #背景为蓝色
corrplot(M,bg = 'gold2') #背景为金色

9.如果可以将相关系数添加在图中更好,更加直观

corrplot(M, addCoef.col = 'black')

10.图形默认为按照原始数据进行绘图,你也可以设置order,按照AOE排序,即特征向量的角度顺序

corrplot(M, order = "AOE", addCoef.col = 'black')

11.你也可以对图形的颜色进行自定义(想设置几个就设置几个),不过默认的颜色就很好看了,不建议更改

wb = c("blue","gray","black","red")
corrplot(M, col = wb)

12.如果想要一半数字,一半图形呢?

corrplot(M)
corrplot(M, 
         add = TRUE,  #增加一个新图
         type = 'lower', #在左下角
         method = 'number', # 类型为数字
         tl.pos = 'n', #不添加文字标签
         cl.pos = 'n') #不绘制底数字矩阵图的图例

13.基本上上述内容,就够你做个简单的相关性热图了。如果需要更复杂的图形设置,可以继续学习example中的例子,对corrplot函数进行详细学习。

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