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干货丨如何绘制新颖好看的火山图?

火山图（Volcanoplot）是一种比较“远古”的一种散点图，广泛应用于转录组、蛋白组等组间差异分析结果的展示。图表的横轴一般展示差异倍数的变化，而纵轴表示差异分析结果的可靠性。通过找到显著差异的基因，研究者可以进一步做后续的实验。在生物信息分析中，火山图是非常常见的一种数据展示形式。由于火山图...

方剂中的高频单味、两味和三味中药:R语言进行关联规则分析!

背景介绍如果有一组方剂，如下图所示，你想从中挖掘出常用的单味、单味、两味、三味中药，你该怎么去做？今天我们使用R语言的办法来进行挖掘分析，看看能挖掘出什么东西来？软件介绍[软件名称]：R；RStudio教程介绍1.首先我们使用在RStudio中设定运行的文件夹，然后加载需要的R包，最后读取数据#设...

对气象数据——风力风向的可视化分析(R语言ggplot2)

风气象数据的可视化牵涉到四个要素：年份（1973-2014年）、月份（1-12月）、风力：输沙势大小（rdp）、风向：十六风向。由于涉及年份月分较多，尝试从将月分与风向分开进行表示：不同年份不同方向的输沙势大小不同年份不同月分的输沙势大小这两图虽然也能表示出输沙势的时间与方向上的分布，但过于复杂。尝...

什么配置的电脑可满足基因组索引构建的需求?

经常有朋友问起自己要做什么分析，推荐一个电脑的配置。通常限制程序运行的最主要因素是内存，内存不足程序会直接运行不起来，CPU性能弱顶多是运行的慢，硬盘比较便宜，不需要特别评估。针对这个问题，我们准备推出一系列测试推文，统计计算常用软件的运行时间、所需的最大物理内存（后面统计的都是所需最大物理内存，...

R语言绘制桑基图，做好了也可以出大片!

背景介绍什么样的数据可以用桑基图？比如下面的，你可以理解为有大于等于2列的文本标签以及1列统计数值就可以。如果只有大于两组的文本标签，也是可以的。桑基图的核心组成部分包括边、流量和节点，这里的边表示流动数据，流量则对应流动数据的确切数值，而节点则代表不同的类别。边的宽度根据流量成比例地呈现，宽度越大...

利用棒棒糖图展示单细胞marker基因表达量

尔云间一个专门做科研的团队小果生信果原创不易欢迎点赞+转发+关注我们[送心]今天小果想用棒棒糖图来展示单细胞marker基因在不同细胞群里的表达量情况，展示出的效果非常不错，单细胞数据来自以前推文单细胞数据分析结果，有需要的可以系统学习一下单细胞数据分析流程，话不多说开始今天的分享代码如下：...

掌握ggplot2，轻松绘制基因区间长度图!R语言实战

尔云间一个专门做科研的团队原创小果生信果欢迎点赞+收藏+关注[给你小心心]相信大家都对R语言中的ggplot2包有所了解，那么你们知道怎么通过ggplot2绘制基因组的各染色体上的区间类型分布图嘛？今天小果就来给大家演示一下！数据集准备在绘制之前，我们首先要准备要导入的数据集，我们可以根据自...

可视化:R语言七仙女，个个都美! r语言可视化代码

随着数据量的不断增加，数据可视化成为将数字变成可用的信息的一个重要方式。R语言提供了一系列的已有函数和可调用的库，通过建立可视化的方式进行数据的呈现。在使用图表分析的时候，常用的有7种图表：1．散点图2．直方图3．柱状图和条形图4．箱线图5．面积图6．热点图7．相关图1、散点图散点图...

单细胞数据marker基因小提琴图绘制

尔云间一个专门做科研的团队原创小果生信果欢迎点赞+收藏+关注[给你小心心]今天小果想通过单细胞数据marker基因表达量数据来绘制分面小提琴图，通过小提琴图来展示marker基因在不同细胞群中的分布情况，并做了显著性分析，话不多说开始今天的分享。代码如下：01安装需要的R包install.p...

柱状图-肿瘤某一指标的比较和GSVA结果展示

尔云间一个专门做科研的团队原创小果生信果本篇将介绍如何利用ggplot2绘制柱状图以清楚地展示各肿瘤某一指标的比较（如肿瘤缓解率）和GSVA分析结果。1肿瘤缓解率结果展示首先启动程序包library(ggplot2)然后读取数据df<-read.csv("easy_input...