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今天小果看到一个好看的差异检验箱线图，自己想通过ggplot2来绘制一下，通过这次绘图可以学习到tidyverse数据格式转化，分面和差异检验等绘图知识，代码如下：

01 安装需要的R包

install.packages(“tidyverse”)

install.packages(“reshape2”)

install.packages(“ggsignif”)

install.packages(“ggsci”)

install.packages(“ggplot2”)

02 导入需要的R包

library(tidyverse)

library(reshape2)

library(ggsci)

library(ggsignif)

library(ggplot2)

03 代码展示

#读取数据
Sample<-read.table("Sample.txt",header=T)

data<-read.table("data.txt",header=T)

#数据格式转换
df<-left_join(data,Sample,by="Sample")
df1<-df %>%pivot_longer(-c(Sample,trat1))
df1<-df1%>%rename(group=trat1)
df1<-df1%>%select(-Sample)
#开始绘图
ggplot(data=df1,aes(x=group,y=value,color=group))+
geom_boxplot()+
geom_point()+
#差异检验
geom_signif(comparisons=list(c("A","D"),
                             c("B","D"),
               c("C","D")),
              textsize = 3,
        test=t.test,
        step_increase=0.2,
              map_signif_level=T)+
#分面
facet_wrap(~name,scale="free")+
scale_color_npg()+
labs(x="",y="")+
theme_classic()+
theme(strip.background=element_rect(fill="grey"),
                      strip.text=element_text(color="red",
                                              face="bold",
                                              size=10))
#保存图片
ggsave("boxplot.pdf",height=14,width=12)

最终绘制出了想要的图形效果，图片得到复现，有需要的可以借鉴学习，今天小果的分享就到这里奥。

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