install.packages()函数

如何巧用单细胞内置数据，三分钟教你掌握

尔云间一个专门做科研的团队原创小果生信果欢迎点赞+收藏+关注今天小果想学习分享一下单细胞内置数据的处理和分析过程，提高大家对公共数据的利用效率，有需要的可以学习掌握一下奥代码如下：安装所需的R包install.packages(“BiocManager”)BiocManager::inst...

R语言实战-02-回归诊断-改进方法

R语言实战-02-回归诊断-改进方法改进方法正态性误差的独立性线性同方差性线性模型综合假设本系列是对《R语言实战》感兴趣部分的阅读笔记，学习的目的在于理解函数，理解图像含义在上一节中，你使用lm()函数来拟合OLS回归模型，通过summary()函数获取模型参数和相关统计量。但是，没有...

生物信息之Seurat的安装与使用

尔云间一个专门做科研的团队原创小果生信果欢迎点赞+收藏+关注什么是Seurat？Seurat是R语言中被用于单细胞RNA-seq质控、分析的一个r包。从而时用户可以鉴定来自单细胞转录本测定的异质性来源。其中，Seurat包的应用主要包含了：数据导入、数据过滤、数据归一化、特征选择、数据缩放、...

R语言基于抖音系列「夏日游乐场 周周赚88元」数据分析

数据说明基于抖音系列第二轮活动各关卡进度记录数据（2022年8月8日~8月14日，即8月第二周）读取数据与展示library(readxl) # install.packages("readxl", repos = "h...

R语言|ggpubr包绘图大法

一、准备1.1安装#方法1install.packages("ggpubr")#方法2devtools::install_github("kassambara/ggpubr")1.2导入library(ggpubr)二、使用2.1带有均值线和地毯线的密度图#构建数据集set.seed...

代码分享|用R包实现SOMTE算法解决数据不平衡的问题

尔云间一个专门最科研的团队原创eryun云生信学生物信息学原创不易请关注和转发支持我们在数据分析时，往往存在数据的不平衡性。比如我们有600多例良性肿瘤和1800例恶性肿瘤，很明显阳性数据和阴性数据不等，这样必然会使得分析结果产生偏倚。而SMOTE就是一种可以纠正这种不平衡数据偏倚的算法。...

R语言基于Excel数据绘制柱状图、条形图的方法

 本文介绍基于R语言中的readxl包与ggplot2包，读取Excel表格文件数据，并绘制具有多个系列的柱状图、条形图的方法。 首先，我们配置一下所需用到的R语言readxl包与ggplot2包；其中，readxl包是用来读取Excel表格文件数据的，而ggplot2包则是...

单细胞分析 | Cicero+Signac 寻找顺式共可及网络

引言在本指南[1]中，将介绍如何利用Cicero工具和单细胞ATAC-seq数据来识别共可接近网络。为了在Seurat（Signac工具使用的格式）和CellDataSet（Cicero工具使用的格式）之间轻松转换数据，将利用GitHub上的SeuratWrappers包提供的转换功能。数据加载将采...

tidyverse使用推荐

大家在获得了百迈客的分析报告后，需要筛选自己关注的相关结果。tidyverse包能够快速的帮助大家进行筛选。tidyverse包中包含多种R包，如：ggplot、dplyr、readr、tidyr等。这些包使得日常的数据处理和绘图更加方便。下面将介绍一些生信处理中实用的操作。1、tidyverse包...

WGCNA分析，简单全面的最新教程

WGCNA基本概念加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。相...